曙光拓撲結構圖

集群 GPU 計算節(jié)點共配置 200 余塊 NVIDIA Tesla C2050 GPU 卡，共提供 118.15Tflops 計算能力，助中山大學進入 2011 年中國高性能計算機性能 TOP100 排行榜。

曙光公司自主研發(fā)的Parastor并行文件系統(tǒng)，兩個IO節(jié)點，對計算節(jié)點提供80G的IO帶寬，可大大提升系統(tǒng)的IO性能。Parastor優(yōu)勢還包括: 基于對象存儲，使存儲更具智能化;對單個目錄下的元數(shù)據(jù)操作進行優(yōu)化;數(shù)據(jù)安全性，可選支持多副本方式，充分保護數(shù)據(jù)安全性;極佳的可擴展性。基于對象存儲的體系結構使系統(tǒng)可以支持幾萬個客戶節(jié)點，存儲容量支持Petabytes級別;由于Parastor已經(jīng)部署到多個不同規(guī)模大小的實際機群系統(tǒng)中，可滿足商業(yè)和安全應用對正常運行時間的要求;支持多種主流的網(wǎng)絡連接，包括TCP/IP，Myrinet，Infiniband，Qrandrics等;和曙光集群管理軟件結合，對文件系統(tǒng)部署、文件系統(tǒng)管理、文件系統(tǒng)快速恢復提供良好支持。

三套網(wǎng)絡，專網(wǎng)專用。高速計算網(wǎng)采用Inifiband 40Gbps全互聯(lián)高速網(wǎng)絡，用于并行計算時的數(shù)據(jù)交換和計算通訊;數(shù)據(jù)網(wǎng)亦稱接入網(wǎng)，采用高性能千兆以太網(wǎng)，主要用于用戶接入、IO讀寫等，同時數(shù)據(jù)網(wǎng)又作為高速計算網(wǎng)的備份;管理網(wǎng)采用千兆以太網(wǎng)，用于系統(tǒng)管理控制、系統(tǒng)監(jiān)控、作業(yè)的遞交、作業(yè)監(jiān)控等監(jiān)控管理方面的數(shù)據(jù)通訊，同時管理網(wǎng)又作為數(shù)據(jù)網(wǎng)的備份。

眾多并行基礎軟件。集群應用范圍很廣，因此需要很多基礎軟件。操作系統(tǒng)：業(yè)界知名的Suse 64位企業(yè)版Linux操作系統(tǒng)，性能卓越，安全可靠。MPICH和LAM-MPI：最穩(wěn)定、適用性最好MPI實現(xiàn)，用于跨結點并行程序的開發(fā)。并行虛擬機PVM：用于異構系統(tǒng)下的并行程序開發(fā)。編譯環(huán)境：提供GNU C/C++編譯器、GNU Fortran77/90/95編譯器、PGI/Intel C/C++、Fortran編譯器、Java、Python、QT、PERL開發(fā)環(huán)境，滿足多種程序開發(fā)需求;特別提供用于GPU程序開發(fā)的驅動、cudatoolkit和gpucomputing SDK.

數(shù)學庫，程序優(yōu)化的重要手段。曙光提供AMD核心數(shù)學庫ACML、基本線性代數(shù)庫BLAS、針對特定平臺性能調優(yōu)的高性能BLAS庫GOTO和ATLAS、線性代數(shù)計算子程序包LAPACK、可擴展線性代數(shù)庫ScaLAPACK、并行可擴展科學計算工具箱PETSc、傅里葉變換數(shù)學庫FFTW。

高性能計算平臺管理軟件。曙光自主研發(fā)的Gridview支持GPU計算監(jiān)控，用戶可隨時了解GPU軟硬件信息，如GPU的型號、軟件版本、主頻、風扇轉速和溫度變化等。

曙光Gridview軟件監(jiān)控界面

曙光公司表示，該系統(tǒng)的構建主要遵從用戶的實際需求，秉承先進型、成熟性、可靠性、以及可擴展性的原則，不僅能夠滿足目前業(yè)務的需要，還能適應未來技術發(fā)展的趨勢，具備實用性與高性價比特點，可有效保護用戶的投資。此次中山大學計算科學科研團隊高性能計算系統(tǒng)的成功構建，再一次說明了曙光高性能解決方案綠色節(jié)能的獨特優(yōu)勢。

目前，中山大學的高性能計算平臺上有多個領域的各種應用，例如生命科學領域的進化基因組學與基因功能分析整合及應用、地理科學領域的基于網(wǎng)格計算的地理模擬系統(tǒng)(GSS)平臺、環(huán)境科學領域的城市群空氣質量數(shù)值預報和應急救援污染擴散預警、生物化學領域的QM/MM-FEP研究亞鐵螯合酶催化機制、信息科學領域的云計算-桌面虛擬化等等。

作為國內高性能計算領域領軍企業(yè)，曙光公司推出“產(chǎn)品+軟件服務+解決方案”一攬子GPU產(chǎn)品解決方案，以重點客戶、重點區(qū)域為突破點，帶動整體GPU產(chǎn)品銷售;并以其特有的GPU監(jiān)控、加速系統(tǒng)等國內領先技術在GPU行業(yè)技術領域取得了重大的突破成果。

wangguang