(三) 內(nèi)部結(jié)構(gòu)

PHPC 100共包括五個計算模塊，第一個模塊為計算兼管理模塊，其余4個為純計算模塊。每個模塊包括2顆最新的AMD Opteron 2000系列四核處理器。
計算模塊直接通過20Gb Infiniband高性能網(wǎng)絡和千兆以太網(wǎng)進行互聯(lián)。

千兆以太網(wǎng)：

千兆以太網(wǎng)作為PHPC 100的管理網(wǎng)絡。每臺PHPC 100標配一個千兆以太網(wǎng)交換模塊，最大支持兩個一個千兆以太網(wǎng)交換模塊。同時PHPC 100中每個計算模塊提供兩個千兆以太網(wǎng)接口，分別和兩個千兆以太網(wǎng)交換模塊相連接。

每個千兆以太網(wǎng)交換模塊對內(nèi)分別和5個計算模塊的千兆以太網(wǎng)接口相連接，對外提供四個千兆以太網(wǎng)接口。

Infiniband網(wǎng)：

在PHPC 100中，專為高性能計算設計了一套高性能的計算網(wǎng)絡—Infiniband網(wǎng)絡。該IB網(wǎng)絡采用了最新的Connect X（第三代IB芯片）技術(shù)，點到點的單向帶寬為20Gb/s，延遲為1.26us。是一套高帶寬、低延遲、全交換、無阻塞網(wǎng)絡。

在PHPC 100中，每一個計算模塊都配置了一塊DDR IB網(wǎng)卡（20Gb/s），同時集成了一塊IB交換芯片，對外提供10個20Gb/s的IB接口。
硬件管理模塊：

PHPC 100標配一個硬件管理模塊，最大支持兩個。當配置兩個時，可實現(xiàn)兩個模塊之間的冗余。

硬件管理模塊內(nèi)置曙光個人高性能計算機管理軟件，可實現(xiàn)共享USB 功能、KVM 切換、計算模塊狀態(tài)、故障定位、開關(guān)機等全方位管理控制監(jiān)視功能。用戶可以通過管理模塊上的以太網(wǎng)接口，在遠程實現(xiàn)對PHPC 100的管理和監(jiān)控。

另外，硬件管理模塊內(nèi)集成了視頻切換功能（KVM），用戶在本地或遠程，實現(xiàn)對PHPC 100中各個計算模塊的視頻管理。

(四)軟件

PHPC 100內(nèi)集成一系列的軟件，包括曙光個人高性能計算機管理軟件、操作系統(tǒng)、曙光集群管理監(jiān)控軟件、高性能計算系統(tǒng)平臺軟件和部分高性能計算應用軟件。

曙光個人高性能計算機管理軟件：

曙光個人高性能計算機管理軟件集成在硬件管理模塊中，實現(xiàn)對PHPC 100硬件的全方位管理和監(jiān)控，包括開關(guān)機、開關(guān)計算模塊、各個模塊的溫度的監(jiān)控、計算模塊狀態(tài)監(jiān)控和故障定位、風扇的管理、千兆交換模塊的管理和監(jiān)控等等。通過該軟件，用戶可以在本地或通過軟件實現(xiàn)對PHPC 100的硬件層面的管理和監(jiān)控。

操作系統(tǒng)：

PHPC 100支持WCCS2003、SuSE Linux、RedhatLinux、CentOS等主流操作系統(tǒng)。標配WCCS 2003和CentOS操作系統(tǒng)，出廠安裝WCCS 2003。

曙光集群管理監(jiān)控軟件：

PHPC 100集成了曙光最新的集群管理監(jiān)控系統(tǒng)-GridView。

曙光新一代GridView集群綜合管理系統(tǒng)提供統(tǒng)一的集中式監(jiān)控平臺，具備可擴展性、集成性、可靠性和易用性，提供對各種商用、自己研發(fā)的管理工具的集成接口，包括直接以Portal的方式集成和抽取各已有管理工具的監(jiān)控數(shù)據(jù)以便上層平臺能夠分析利用，完成對高性能計算機的環(huán)境、硬件、軟件等各方面進行監(jiān)控的需求。

系統(tǒng)具有易用性，提供簡單靈活的系統(tǒng)部署，人性化的界面和功能設計，方便最終用戶的使用，包括靈活方便的個性化設置、多樣的內(nèi)容展現(xiàn)形式。管理系統(tǒng)同時提供個性化、自定義報表輸出功能。

高性能計算系統(tǒng)平臺軟件：

PHPC 100提供了各種高性能計算各類系統(tǒng)軟件，并針對PHPC 100完成了軟件的優(yōu)化。包括：
并行環(huán)境：各類MPI（包括MPI 1和MPI 2）、PVM等
編譯器：GNU C/C++、GNU Fortran、GFortran等
數(shù)學庫：ACML、GOTOBLAS、LAPACK、ScaLAPACK、FFTW等
基準測試工具：Linpack、PMB、Stream等
高性能應用軟件：
PHPC 100提供了各個應用領域中，高性能計算最常用的部分軟件，并針對PHPC 100完成了軟件的優(yōu)化。使得很多用戶無需在安裝、調(diào)試、優(yōu)化應用軟件，在拿到PHPC以后，直接使用即可。
高性能應用軟件包括序列比對類、分子動力學類、分子對接和藥物設計類、氣象類、有限元計算類、材料類、計算物理類、計算化學類等軟件。

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